Het afweersysteem is een verzamelnaam voor een uitgebreid verdedigingssysteem dat bestaat uit vele verschillende moleculen en afweercellen. Het is een beetje te vergelijken met een leger. Een leger bestaat ook uit verschillende onderdelen, waarin iedereen een specifieke functie en taak heeft. Veel afweercellen zijn verzameld op speciale plekken in ons lichaam, zoals in de lymfklieren, de milt en het beenmerg. Dit zou je kunnen vergelijken met kazernes. Zoals kazernes met elkaar zijn verbonden door een wegennet, waarover de troepen zich kunnen verplaatsen, staan de lymfkieren met elkaar in contact via de lymfvaten. De bloedvaten zijn een tweede wegennet, dat ook in contact staat met de lymfvaten. Afweercellen gebruiken deze twee netwerken om door ons lichaam te patrouilleren zodat ze klaar staan om aan te vallen als een ziekteverwekker binnendringt.
Net zoals een leger dat wordt onderverdeeld in een landmacht en een luchtmacht, kan het afweersysteem grofweg worden verdeeld in 2 grote onderdelen. Dit zijn het aangeboren en het aangeleerde deel.