Vaccins zijn geneesmiddelen. Daarom moeten ze aan hele strenge eisen voldoen voordat ze gebruikt mogen worden. Dit wordt gecontroleerd door het College ter Beoordeling van Geneesmiddelen (CBG) en het Europese Geneesmiddelenagentschap (EMA). De veiligheid en effectiviteit van vaccins worden continue in de gaten gehouden. Zo wordt er bijgehouden hoe vaak en welke bijwerkingen er zijn. Ook wordt geregistreerd hoe vaak er infecties optreden ondanks de vaccinatie, want dat geeft aan of het vaccin nog wel goed werkt.

Bijwerkingen van vaccinatie zijn meestal mild. De plek van vaccinatie kan rood worden, opzwellen en pijn doen. Ook kortdurende hoofdpijn, moeheid en lichte koorts komen relatief vaak voor. Deze symptomen komen door de activering van het afweersysteem. Heel soms kan het afweersysteem overreageren en kan er een anafylactische shock ontstaan. Het risico op ernstige bijwerkingen van een vaccinatie is echter vele malen kleiner dan de infectieziekte.

Eind jaren tachtig werd door een Britse arts gepubliceerd dat vaccinatie autisme kan veroorzaken. Geen enkel ander onderzoek kon deze resultaten bevestigen. Inmiddels is gebleken dat het eerste artikel gebaseerd was op fraude. Het tijdschrift dat het artikel publiceerde heeft het teruggetrokken en de betrokken arts is geroyeerd. Het is dus niet waar dat vaccinatie autisme kan veroorzaken.