Wanneer ons afweersysteem voor de tweede keer in aanraking komt met dezelfde ziekteverwekker, reageert het sneller en sterker, waardoor we óf helemaal niet ziek óf sneller beter worden. Van dit principe wordt gebruik gemaakt bij vaccinatie. Hierbij wordt een verzwakte of onschadelijke vorm van de ziekteverwekker gegeven. Hierdoor reageert het afweersysteem alsof er een echte infectie is en wordt er immunologisch geheugen opgebouwd, zonder dat mensen echt ziek worden. Overigens kan door het vrijkomen van signaalstoffen de afweerreactie best heftig zijn, waardoor men zich grieperig kan voelen en er een rode opgezwollen en pijnlijke plek kan ontstaan op de plek van injectie.

Door de vaccinatie is ons afweersysteem voorbereid op de echte infectie. Vaccins zijn veilig, maar niet elk vaccin is even effectief. Sommige goede vaccins (zoals het mazelenvaccin) zorgen ervoor dat de meerderheid van de mensen nooit ziek wordt wanneer ze blootgesteld worden aan de ziekteverwekker. Andere vaccins (zoals bijvoorbeeld het vaccin voor kinkhoest) beschermen maar gedeeltelijk, zodat mensen wel symptomen kunnen krijgen als ze in aanraking komen met de ziekteverwekker. Maar ook in die gevallen verloopt de ziekte veel milder dan wanneer er niet gevaccineerd zou zijn. Voor sommige ziektes is het moeilijk om te vaccineren, omdat de ziekteverwekker erg veranderlijk is. Dit geldt bijvoorbeeld voor griep.

Het Rijksvaccinatieprogramma is opgericht om kinderen zo goed mogelijk te beschermen tegen gevaarlijke ziektes.