De eerstelijnsafweer van het aangeboren afweersysteem zijn mechanische barrières die de ziektekiemen buiten houden. Dit zou je kunnen vergelijken met loopgraven en mijnenvelden. Onze huid is bijvoorbeeld een hele belangrijke barrière, maar ook de slijmvliezen die onze longen, darmen en geslachtsorganen bedekken en de microflora die aanwezig is op deze slijmvliezen, houden ziektekiemen buiten ons lichaam.
Traanvocht voorkomt dat micro-organismen in onze ogen gaan groeien. Hoesten, niezen en braken zijn ook manieren van ons lichaam om ziektekiemen buiten te houden of kwijt te raken. Wanneer het een ziekteverwekker lukt om toch ons lichaam binnen te dringen, staat de tweedelijnsafweer klaar. Dit is het aangeboren afweer systeem dat bestaat uit verschillende afweereiwitten en verschillende typen afweer- of witte bloedcellen. Tenslotte is er nog een derde verdedigingslinie: het aangeleerde afweersysteem.