De balans tussen het op tijd ‘aan’ gaan en weer ‘uit’ gaan van het afweersysteem, is heel belangrijk, omdat verkeerde regulatie van het afweersysteem tot heel veel ziektes kan leiden. Zo kan de afwezigheid van een goed afweersysteem (immuundeficiëntie) onder andere leiden tot infectieziektes. SCID en AIDS zijn hier duidelijke voorbeelden van. Een slecht functionerend afweersysteem speelt ook een rol bij kanker.

Overactiviteit van het afweersysteem geeft juist allergische reacties, chronische ontstekingen en auto-immuunziektes. Tenslotte zijn er ook situaties waarin het afweersysteem gewoon z’n functie goed uitvoert, terwijl dat juist niet gewenst is. Dit is bijvoorbeeld het geval na een orgaan transplantatie. In zo’n geval moet het afweersysteem juist z’n werk niet doen, omdat anders het nieuwe orgaan wordt afgestoten. Over-activatie van het afweersysteem wordt meestal behandeld met ontstekingsremmers of immunosuppressiva. Tegenwoordig worden ook vaak biologicals (in het laboratorium nagemaakte eiwitten), gebruikt om het afweersysteem te onderdrukken.