Allereerst bij de bescherming tegen ziekteverwekkers, wat de belangrijkste taak is van ons afweersysteem. Hoe belangrijk deze taak is, wordt duidelijk bij mensen die een onderdeel van het afweersysteem missen, omdat deze patiënten erg gevoelig zijn voor infecties.

Ziektes waarbij onderdelen van het afweersysteem afwezig zijn, heten immuundeficiënties. Het tegenovergestelde gebeurt ook. Er zijn veel ziektes waarbij het afweersysteem te sterk geactiveerd is. Dit kan leiden tot allergieën, chronische ontsteking en auto-immuniteit.

Tenslotte speelt het afweersysteem ook een rol bij kanker. Het kan bijdragen aan de ontwikkeling van kanker, maar tegenwoordig wordt het afweersysteem ook vaak ingezet als therapie voor kanker. Dit wordt immunotherapie genoemd.