Vaccins kunnen een levend, maar verzwakte ziekteverwekker bevatten, waardoor ons afweersysteem wel goed reageert, maar gezonde mensen niet geïnfecteerd worden. Deze vaccins kunnen echter problemen geven wanneer het afweersysteem niet goed werkt of verzwakt is. Zo werd vroeger de genetische ziekte SCID, waarbij het aangeleerde afweersysteem afwezig is, vaak vlak na vaccinatie ontdekt, omdat kinderen met SCID heel erg ziek werden. Dit is geen bijwerking van het vaccin, maar door vaccinatie werd een onderliggende genetische ziekte zichtbaar.

Tegenwoordig worden er vooral geïnactiveerde, dode vaccins gebruikt. Deze bestaan uit stukjes ziekteverwekkers, die zich niet kunnen vermenigvuldigen. Ons afweersysteem reageert hier minder sterk op. Daarom worden vaak hulpstoffen, zoals aluminiumzouten, toegevoegd om een afweerreactie op te starten.

De veiligheid van hulpstoffen is uitgebreid getest en deze stoffen worden in zo’n lage concentratie gebruikt, dat ze geen schade aan de gezondheid geven.