Allereerst heeft het afweersysteem moeite om kanker te herkennen. Kankercellen ontstaan uit lichaamseigen cellen. Tijdens de ontwikkeling krijgt het afweersysteem instructies om ziekteverwekkers aan te vallen, maar heeft het tegelijkertijd geleerd om eigen cellen te negeren om auto-immuniteit te voorkomen. Nu zijn kankercellen niet helemaal normaal en mutaties kunnen soms leiden tot afwijkende eiwitten, die door afweercellen worden herkend. T cellen spelen hier een belangrijke rol bij. Wanneer killer T cellen de afwijkende eiwitten herkennen, kunnen ze de kankercel aanvallen en doden. Uit onderzoek blijkt dat patiënten die veel killer T-cellen in hun kankergezwel hebben (dit wordt een ‘hot’ tumor genoemd), een betere overleving hebben dan patiënten die een ‘cold’ tumor hebben. Het afweersysteem kan de kanker weliswaar niet verwijderen, maar kan de groei blijkbaar wel iets afremmen.

Daarnaast kunnen kankercellen het afweersysteem actief uitzetten. Wanneer iemand een infectie heeft, moet het afweersysteem ‘aan’ gaan. Maar zodra de infectie is opgeruimd, moet het afweersysteem ook weer ‘uit’ gaan. Het afweersysteem heeft daarom verschillende stopknoppen, die checkpoints genoemd worden. Veel kankergezwellen zijn er in geslaagd om één of meerdere stopknoppen in te schakelen, waardoor de afweercellen hun werk niet meer kunnen doen.

Met behulp van immunotherapie wordt geprobeerd om de kankercellen herkenbaarder te maken voor het afweersysteem en de stopknoppen te overrulen.